Struktur Maqna'ul Ulum

Lembaga tertinggi dalam organisasi Pendidikan Islam Pondok Pesantren Maqnaul Ulum  ialah Majlis Kiyai. Majlis Kiyai  adalah semacam badan legislatif yang beranggotakan 4 orang, bertanggung jawab atas segala pelaksanaan dan perkembangan pendidikan dan pengajaran di Pondok Pesantren Maqnaul Ulum. Untuk tugas dan kewajiban keseharian amanat ini dijalankan oleh Pimpinan Pondok.

Pimpinan Pondok Pesantren Maqnaul Ulum merupakan semacam badan eksekutif, di samping memimpin lembaga-lembaga dan bagian-bagian di Pendidikan Pondok Pesantren Maqnaul Ulum, juga berkewajiban mengasuh para santri sesuai dengan sunnah Pondok Pesantren Maqnaul Ulum. Adapun lembaga-lembaga dan atau bagian-bagian yang dibawahi Pimpinan Pondok Pesantren Maqnaul Ulum adalah sebagai berikut:

1. Lembaga Pengajian Kitab-kitab Klasik ( Kitab Kuning)
2. Lembaga Pendidikan Diniyah, bernama Madrasah Mu’allimin wal Mu’allimat al-Islamiyah (MMI)
3. Lembaga Pendidikan Anak Usia Dini (PAUD) HN Putra
4. Lembaga Pendidikan Sekolah Menngah Pertama ( SMP MU )
5. Lembaga Pendidikan Sekolah Menengah Kejuruan (Multimedia)
6. Lembaga Pengasuhan Santri yang mengurusi bidang pengasuhan santri khususnya bidang ekstra kurikuler.
7. Organisasi Santri Maqna’ul Ulum (OSMU), yaitu organisasi Santri Pondok Pesantren Maqnaul Ulum
8. Dewan Guru  MMI,SMP dan SMK.

Lembaga wadah pemersatu para alumni Maqna’ul Ulum yang disebut Ikatan Santri Alumni Maqna’ul Ulum(IKSAMA).